Вариант
trdm мне наиболее ближе и логичнее. Я делал похожий механизм у клиента, но выделенную сессию 1С под это дело не заводил.
1. из внешней программы формируется пакет на добавление/изменение данных, кладется в папку обмена.
2. каждая из запущеных пользовательских сессий 1С мониторит папку на появление новых файлов (с помощью ВК, можно и по таймеру).
3. первая из пользовательских сессий, обнаружившая новый пакет, формирует стоп-файл к пакету чтобы другие сессии уже не беспокоились, и загружает пакет в базу, после загрузки пакет и стоп-файл удаляются.
В условиях поставленной задачи будет еще п.4 - формируется файл с именем пакета, но отличным разширением, в который выгружается служебная информация о созданных в базе объектах - номерах, идентификаторах и т.д.
Если пакеты небольшие, то для пользователя это проявляется в виде кратковременных фризов 1-5 секунд в момент загрузки пакета, а так как пользователей много и пакеты формируются не ежесекундно, то для пользователя это проходит практически незаметно.
P.S. В общем самописный УРИБ в упрощенном виде. Изобретал в свое время велосипед...
P.P.S. Кстати делается легко и непринужденно, без лишних вывертов, на любой версии 1С. Есть один недостаток - когда с базой никто не работает, то пакеты копятся, но в условиях моей задачи это было нормально.