Если говорить образно, то это выглядит примерно так: я сначала купил себе тележку с колесами для того чтобы возить товар, но оборот растет и мне нужно перемещать товара больше и быстрее, я покупаю двигатель (модуль к платформе), что мне позволило возить больше товара и делать это быстрее. В дальнейшем мне кроме перевозки товара потребовалась его фасовка на ходу (возможность конфигурации в дополнительной специфике учета), я купил устройство для фасовки и просто прикрутил его к тележке, запитал это устройство от генератора двигателя и теперь я перевожу товар и одновременно его расфасовываю. Кроме этого расфасовывать мне надо сегодня по 500 грамм, завтра по 900, т.е. в устройстве фасовки есть все необходимое чтобы я без всяких специалистов смог менять величину и порядок фасовки, а также настраивать необходимую форму упаковки без использования сложных инструментов (настройка некоторых моментов, более тонкой подстройки учета в конфигурации под нужды предприятия, которые может сделать менее квалифицированный специалист).

Подсистемы в 1С появились в версии 8.0.
Совместимость и стыкуемость же подсистем зависит только от пряморукости их авторов.
Никто не запретит собрать свою конфигурацию из разных независимых подсистем.
Рынок же диктует необходимость разработки именно готовых конфигураций, т.к. для большинства покупателей они подходят. Для трети они подойдут после небольшой доработки напильником. Тех же, кому они принципиально не подходят, "считанные единицы" теряющиеся в основной массе покупателей. Такие или разрабатывают свои или дорабатывают типовые конфигурации, а затем ими пользуются...
В этом и заключается гибкость платформы.
Далее - 1С постоянно совершенствует платформу, учитывая пожелания пользователей...