Код

select
	sum(ОстНаСкладе) ОстНаСкладе,
	sum(ОстНаФирме) ОстНаФирме,
	sum(РезервНаСкладе) РезервНаСкладе,
	sum(РезервНаФирме) РезервНаФирме
From
(
SELECT
	$РегОстатки.Количество ОстНаСкладе,
	0 ОстНаФирме,
	0 РезервНаСкладе,
	0 РезервНаФирме
FROM
	$РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ as РегОстатки
WHERE
...

Union All

SELECT
	0 ОстНаСкладе,
	0 ОстНаФирме,
	$РегРезервы.Количество РезервНаСкладе,
	0 РезервНаФирме
FROM
	$РегистрИтоги.РезервыТМЦ as РегРезервы
WHERE
...

Union all
...
) 

Только вряд ли это будет быстрее.
Попробуй сделать скулевую реиндексацию + обнови статистику.

Код

ТекстЗапроса = "
	|SELECT
	|	SUM(ОстНаСкладе) ОстНаСкладе,
	|	SUM(ОстНаФирме) ОстНаФирме,
	|	SUM(РезервНаСкладе) РезервНаСкладе,
	|	SUM(РезервНаФирме) РезервНаФирме,
	|	(ОстНаСкладе - РезервНаСкладе) ОстатокСклад,
	|	(ОстНаФирме - РезервНаФирме) ОстатокФирма
	|FROM
	|(SELECT
	|	$РегОстатки.Количество ОстНаСкладе,
	|	0 ОстНаФирме,
	|	0 РезервНаСкладе,
	|	0 РезервНаФирме
	|FROM
	|	$РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ as РегОстатки
	|WHERE
	|	РегОстатки.Period = :ВыбДата~~" + СтрокаФирмаУсловиеОстаток + " AND $РегОстатки.Номенклатура = :ВыбНоменкл " + СтрокаСкладУсловиеОстаток + "
	|UNION ALL
	|SELECT
	|	0 ОстНаСкладе,
	|	$РегОстатки.Количество ОстНаФирме,
	|	0 РезервНаСкладе,
	|	0 РезервНаФирме
	|FROM
	|	$РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ as РегОстатки
	|WHERE
	|	РегОстатки.Period = :ВыбДата~~" + СтрокаФирмаУсловиеОстаток + " AND $РегОстатки.Номенклатура = :ВыбНоменкл
	|UNION ALL
	|SELECT
	|	0 ОстНаСкладе,
	|	0 ОстНаФирме,
	|	$РегРезервы.Количество РезервНаСкладе,
	|	0 РезервНаФирме
	|FROM
	|	$РегистрИтоги.РезервыТМЦ as РегРезервы
	|WHERE
	|	РегРезервы.Period = :ВыбДата~~" + СтрокаФирмаУсловиеРезерв + " AND $РегРезервы.Номенклатура = :ВыбНоменкл " + СтрокаФирмаУсловиеРезерв + "
	|UNION ALL
	|SELECT
	|	0 ОстНаСкладе,
	|	0 ОстНаФирме,
	|	$РегРезервы.Количество РезервНаСкладе,
	|	0 РезервНаФирме
	|FROM
	|	$РегистрИтоги.РезервыТМЦ as РегРезервы
	|WHERE
	|	РегРезервы.Period = :ВыбДата~~" + СтрокаФирмаУсловиеРезерв + " AND $РегРезервы.Номенклатура = :ВыбНоменкл)
	|";
 

Код

НаборЗаписей = СоздатьОбъект("ODBCRecordset");
	НаборЗаписей.РежимRPC(1);
	//Сформируем переменные строки для текстов запроса
	СтрокаСкладУсловиеОстаток = "";
	СтрокаСкладУсловиеРезерв = "";
	СтрокаФирмаУсловиеОстаток = "";
	СтрокаФирмаУсловиеРезерв = "";
	Если ПустоеЗначение(Склад) = 0 Тогда
		СтрокаСкладУсловиеОстаток = " AND $РегОстатки.Склад = :ВыбСклад";
		СтрокаСкладУсловиеРезерв = " AND $РегРезервы.Склад = :ВыбСклад";
	КонецЕсли;
	Если ТипЗначенияСтр(ФирмаДляОстатковТМЦ) = "Справочник" Тогда
		СтрокаФирмаУсловиеОстаток = " AND $РегОстатки.Фирма = :ВыбФирма";
		СтрокаФирмаУсловиеРезерв = " AND $РегРезервы.Фирма = :ВыбФирма";
	ИначеЕсли ТипЗначенияСтр(ФирмаДляОстатковТМЦ) = "СписокЗначений" Тогда
		СтрокаФирмаУсловиеОстаток = "AND $РегОстатки.Фирма IN (Select VAL FROM #СписокФирм)";
		СтрокаФирмаУсловиеРезерв = " AND $РегРезервы.Фирма IN (Select VAL FROM #СписокФирм)";
	КонецЕсли;