Итак, запрос:

Select
...
From
(
select
...
From
рег.Итоги

Union All

select
...,
			CASE
				WHEN рег.Date_Time_IDDOC < @ПозицияДокумента Then (1-2*рег.DebKred)*рег.sp4008
				ELSE 0
			END Сумма,
			CASE
				WHEN рег.Date_Time_IDDOC < @ПозицияДокумента Then (1-2*рег.DebKred)*рег.sp4007
				ELSE 0
			END Количество,
			CASE
				WHEN рег.Date_Time_IDDOC < @ПозицияДокумента Then (1-2*рег.DebKred)*рег.sp54155
				ELSE 0
			END Вес,
			(1-2*рег.DebKred)*рег.sp4008 КонСумма,
			(1-2*рег.DebKred)*рег.sp4007 КонКоличество,
			(1-2*рег.DebKred)*рег.sp54155 КонВес
		FROM
			ra4001 рег (Nolock, Index(DATETIME))
		WHERE
			рег.Date_Time_IDDOC >= @НачДвиженийДляИтогов
			And рег.Date_Time_IDDOC < @КонДата

	) рег
WHERE
	рег.МестоХранения in ( '     7   ', '    28   ')
And рег.МПЗ in (SELECT ID FROM [#0cc38874-c113-4f79-9e95-3a669cf46d87] (NoLock))
GROUP BY
...
 

Внимание, фигня: если я убераю выделенный тэйблхинт (оставляю только нолок) - скуль из индекс сеек сваливается в кластеред индекс скан. С соответствующим изменением времени выполнения запроса (добавление хинта по индексу сократило выполнение такого запроса с 10..17 секунд до <1 секунды - в зависимости от фильтров).

Что меня особо смущает - это игнорирование оптимизатором условий, четко попадающих в правильный индекс и дающих хорошую селективность.

(0) какой план запросов смотрел планируемый или фактический ?
при планируемом плане запросов sql не знает значений переменных и не может их применить ( легко проверить в mag studio поставь вместо переменных константы и посмотри план. Также есть опция в sql2005
( как называется не помню ) которая выставляет переменные в те значения при которых будет компилироваться план запроса.

Z1 очень верно написал.
Объявите в начале запроса
Declare @КонДата DateTime
Set @КонДата = ?

В любом случае - курился фактический план запроса.

Примерно такой скрипт (заботливо упертый чуть ли даже не с этого форума)

	  IF @frag < 30.0
		SET @command = N'ALTER INDEX ' + @indexname + N' ON ' + @schemaname + N'.' + @objectname + N' REORGANIZE';
	  IF @frag >= 30.0
		SET @command = N'ALTER INDEX ' + @indexname + N' ON ' + @schemaname + N'.' + @objectname + N' REBUILD';
	  IF @partitioncount > 1
		SET @command = @command + N' PARTITION=' + CAST(@partitionnum AS nvarchar(10));
	  EXEC (@command);
	  PRINT N'Executed: ' + @command+N' процент фрагментации был: '+QUOTENAME(@frag);
 

Произвел дефраментацию индексов в паре справочников и таблице проводок.

http://msdn.microsoft.com/ru-ru/library/ms188917.aspx
пример Г