Есть дилема. Для того чтобы ускорить получение данных из регистров, настроил индексы по измерениям. Измерения выстроил в порядке использование в фильтрах (наиболее часто), добавил индексы по таблице итогов и движений. В итоге скорость получения итогов увеличилась (итоги получаются прямыми запросами). Но вот суммарное время проведения всех документов увеличилось. Есть подозрение, что при записи очень сильно подтормаживает вставка данных в таблицы регистров, в результате индексов.

Что посоветуете сделать для ускорения проведения?

Посоветую сделать
1) замер производительности и посмотреть на что же тратиться основное время все таки по итогам проведения набора документов
2) оттрассировать в SQL Profiler проведение набора документов (определенного количества) и посмотреть какие запросы более всего отнимают ресурсы системы.
3) Выяснив в чем узкое место - записи или чтении посмотреть аппаратные счетчики - очередь к диску, счетчики памяти и процессора.
4) На основании всего перечисленного сделать выводы и обсудить результаты п.1-3 и выводы тут или на ином форуме.