вот такой запрос (у измерения "Номенклатура" есть "Отбор итогов"):

select
$РегОстатки.Номенклатура Номенклатура,
$РегОстатки.Количество КоличествоОстаток
from $РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ РегОстатки
inner join Номенклатура табНом on '20090101'+табНом.val=
	dtos(РегОстатки.period)+$РегОстатки.Номенклатура
 

индекс исправно работает.
а вот как использовать его, если требуется получить всю номенклатуру, кроме заданной в фильтре ?

WHERE $РегОстатки.Номенклатура NOT IN (SELECT Val FROM #ВыбНоменклатура)

да, некоторое ускорение все таки при применении индекса есть, вот такие измерения на базе, размером примерно год (около 12 периодов)

select $РегОстатки.Номенклатура Номенклатура,$РегОстатки.Количество Количество
from $РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ РегОстатки
where РегОстатки.period=:ДатаПериодаОстатков~~ and
$РегОстатки.Номенклатура not in (select табНом.val from Номенклатура табНом)

время запроса: 5118, строк: 57991
время запроса: 5065, строк: 57991
время запроса: 5154, строк: 57991
время запроса: 5168, строк: 57991
 

select $РегОстатки.Номенклатура Номенклатура,$РегОстатки.Количество Количество
from $РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ РегОстатки
where
dtos(РегОстатки.period)+$РегОстатки.Номенклатура between '20090201' and '20090201ZZZZZZZZZ' and
$РегОстатки.Номенклатура not in (select табНом.val from Номенклатура табНом)

время запроса: 3676, строк: 57991
время запроса: 3677, строк: 57991
время запроса: 3627, строк: 57991
время запроса: 3851, строк: 57991
 

select $РегОстатки.Номенклатура Номенклатура,$РегОстатки.Количество Количество
from $РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ РегОстатки
where
dtos(РегОстатки.period)+$РегОстатки.Номенклатура like '20090201_________'+'_________' and
$РегОстатки.Номенклатура not in (select табНом.val from Номенклатура табНом)

время запроса: 3688, строк: 57991
время запроса: 3710, строк: 57991
время запроса: 3716, строк: 57991
время запроса: 3735, строк: 57991
время запроса: 3762, строк: 57991
 

это будет аналог того варианта, что "первый пришел в голову" 
попробую, отпишусь о результате.
на первый взгляд, для тех баз, где в номенклатуре много позиций, не попадающих в регистр, будет проигрыш этого варианта

мда, совсем чудеса пошли - результат запроса (количество строк) с этим вариантом другой

select $РегОстатки.Номенклатура Номенклатура,$РегОстатки.Количество Количество
from $РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ РегОстатки
inner join
(Select Спр.id val2
FROM $Справочник.Номенклатура Спр
Where
Спр.id NOT IN (SELECT Val FROM #ВыбНоменклатура)
) табНом on '20071201'+табНом.val2=
	dtos(РегОстатки.period)+$РегОстатки.Номенклатура

время запроса: 3228, строк: 40958
 

select $РегОстатки.Номенклатура Номенклатура,$РегОстатки.Количество Количество
from $РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ РегОстатки
where
dtos(РегОстатки.period)+$РегОстатки.Номенклатура like '20071201'+'_________'
and    
$РегОстатки.Номенклатура not in (select табНом.val from #ВыбНоменклатура табНом)
and $РегОстатки.Номенклатура<>$ПустойИд	    

время запроса: 3944, строк: 57991
 

поищу ка, где загвоздка

хотя, если запихать в фильтр почти весь справочник, вариант

...
inner join
(Select Спр.id val2
FROM $Справочник.Номенклатура Спр
Where ...


несколько выигрывает; не настолько, конечно, чтобы из за этого наворачивать код.

kiruha, спасибо за идеи 

(12)
под конкретную задачу, скорее всего можно оптимизировать. в данном случае я пытался понять, как действовать в общем случае, т.е. написать универсальный код, который будет как можно меньше проигрывать адаптированному к некой базе

по поводу проигрыша запроса 1с - игра стоит свеч, то есть есть смысл попариться с кодом, чтобы выиграть по скорости раз в 50 

но наворачивать код ради выигрыша в 10% как то стремно.

вот проверил еще такой вариант:

select $РегОстатки.Номенклатура Номенклатура,$РегОстатки.Количество Количество
from $РегистрИтоги.ОстаткиТМЦ РегОстатки
inner join
(Select Спр0.id val2
FROM $Справочник.Номенклатура Спр0
Where
(Спр0.parentid<>:ВыбТМЦ)
) табНом on '20071201'+табНом.val2=
	dtos(РегОстатки.period)+$РегОстатки.Номенклатура
having $РегОстатки.Количество<>0
 

правда в данном случае, я знаю, что в группе ВыбТМЦ нет вложенных групп, в противном случае запрос еще несколько усложняется.

выполняется он примерно то же время, что и предыдущие лучшие варианты. Экономия здесь возможна на
УложитьСписокОбъектов(ВыбТМЦ,....)