Функция ВыполнитьЗапрос(ТекстЗапроса, ВидСправочника)
     Попытка
           _Количество = ЗапросСКЛ.ВыполнитьСкалярный(ТекстЗапроса)
     Исключение
           Сообщить("Ошибка при обработке справочника <" + ВидСправочника + ">!", "!!!");
           Сообщить(ЗапросСКЛ.ПолучитьОписаниеОшибки());
           Сообщить(ОписаниеОшибки());
           Сообщить("----------------------------");
           Сообщить(РадугаМД.ОбрМетаСКЛ(ТекстЗапроса));
           Возврат 0;
     КонецПопытки;;
     
     Сообщить("=>> Обработан справочник <" + ВидСправочника + ">. " + _Количество + " элементов.");
     
     Возврат 1;
КонецФункции


     ТекстЗапроса_Select = "
     |SELECT
     |      " + ТекстЗапроса_СлужебныеКолонкиСправочника(ВидСправочника) + "
     |FROM
     |      " + ИмяБазыИсточника + ".$Справочник." + ВидСправочника + " (NoLock)
     |";
     
     ТекстЗапроса_Select = РадугаМД_Источник.ОбрМетаСКЛ(ТекстЗапроса_Select);
     
     ТекстЗапроса = "
     |Set NoCount ON
     |DECLARE @Количество Int
     |
     |DELETE FROM $Справочник."+ВидСправочника+"
     |
     |INSERT INTO $Справочник."+ВидСправочника+"
     |      (" + ТекстЗапроса_СлужебныеКолонкиСправочника(ВидСправочника) + ")
     |" + ТекстЗапроса_Select + "
     |
     |Set @Количество = @@RowCount
     |
     |SELECT @Количество
     |";
     
     Возврат ВыполнитьЗапрос(ТекстЗапроса, ВидСправочника);

где
РадугаМД_Источник      = СоздатьОбъект("MetaDataWork");
РадугаМД_Источник.ПрисоединитьМД(СокрП(ИмяФайла));
ИмяБазыИсточника = сзБД.ПолучитьЗначение(сзБД.ТекущаяСтрока()) + ".dbo";

Вторая база пустая?
Есть еще попроще варианты