запрос.ВыполнитьЗапрос("create virtual table journ using dbeng(Journal)");   

Выборка
select * from journ limit 1000";

В поле idx_DATE_TIME_IDDOC находится примерно такое:
20080813C3ZQAO   X29CB     162551
-------
СформироватьПозициюДокумента(выбДок,-1) выдает:
#20080814 681740000     42904S0Я

Что совсем не похоже друг на друга.

В прямых запросах 1с++ можно было пользоваться СформироватьПозициюДокумента, чтобы остатки регистра на документ получить - а как тут?

Э-э-э, если у тебя есть DATE_TIME_IDDOC, то это SQL база, если ДБФ, то там три поля DATE, TIME, IDDOC