Реализовал свою идею, может кому пригодиться:
1. есть класс "Модули",
 - в конструкторе при инициализации получает список всех классов и добавляет их имена в свой список динамических свойств
 - в классе есть переменная типа "СписокЗначений" - список объектов
2. в глобальном модуле создается глобальный объект "Модули"
3. в нужных местах обращаемся к произвольному классу в таком виде: Модули.НекийКласс.МетодКласса()
4. в классе "Модули" при обращении к динамическому свойству в списке объектов ищется объект по имени, если не найден, создается
5. таким образом в любом месте конфы могу использовать любой зарегистрированный класс, при этом существует только одна его копия

единственная оговорка: у меня некоторые классы имееют название вида "Система.Сервис", так вот точка удаляется из имени класса, т.е. обращаюсь к нему так: Модули.СистемаСервис.

ну еще минус один: не работает интелисенс, но с этим пока придется смириться.

Подожди ка, насколько я понимаю в 3.0.1.14 и выше для динамических свойств нужно явное добавление в список?
Т.е. я же не могу обратиться к Модули.МойКласс предварительно не сделав Модули.ДобавитьДинамическоеСвойство("МойКласс")

а насчет инициализации объекта класса - мне просто это не было нужно, поэтому в методе присвоения свойства у меня пусто,
туда можно добавить код, который будет добавлять объект в список инициализированных

Один вопрос: насколько я понимаю, я не могу обратиться к объекту Модули.МойКласс, если перед этим я не добавил динамическое свойство "МойКласс" в классе "Модули", так?

Вот для этого я и сделал заполнение списка динамических свойств класса в конструкторе в соответствие со списком зарегистрированных классов.
Соответственно потом я могу легко обращаться как Модули.МойКласс, будучи уверенным, что такое динамическое свойство точно существует.
Конечно это не распространяется на классы, подключаемые динамически, но честно говоря все постоянно используемые классы обычно подключены штатно через prm-файлы.