Есть два варианта отчета по продажам с использованием разных регистров ОстаткиВспм и ОстаткиТоваров:      

|Период с НачДата по КонДата;
|Товар            = Регистр.ОстаткиВспм.Товар;
|Кол            = Регистр.ОстаткиВспм.ОстатокТовара;
|Подразделение = Регистр.ОстаткиВспм.ТекущийДокумент.Автор.Подразделение;
|Док            = Регистр.ОстаткиВспм.ТекущийДокумент;
|Функция РхК = Расход(Кол);
|Функция Ост = КонОст(Кол);

По ОстаткиВспм формируется за 5 секунд, по ОстаткиТоваров за 2-3 минуты.

Разница между регистрами в порядке расположения измерений. По ОстаткиВспм "Склад-Товар-ОстатокТовара"; по ОстаткиТоваров - "Товар-Склад-ОстатокТовара".

Чем может объяснять такая большая разница в скорости запроса?

>>> движений по этим регистрам одинаково, а итогов по ОстаткиТоваров в 3 раза меньше

- это наверно требует пояснения ...  экспериментируем тут с одной базой, ОстаткиТоваров раньше имел больше измерений, поэтому там и итогов больше. Потом измерения убили, а движения остались, короче... не в этом суть... 

ТИИ пока не пробовали, ну попробуем обязательно 

Количество чуть позже покажу, просто экспериментальные работы пока продолжаются, и количество движений и остатков скачет, закончим, тогда приведу последние данные 

... и куда ты наставил отбор итогов и движений? 
Не такие уж и объемы что так судорожно дергаться
Лучше вот это заменить чем-нить:

|Подразделение = Регистр.ОстаткиВспм.ТекущийДокумент.Автор.Подразделение; 

Не, ничего не перепутывал  Несколько раз перепроверял, все сходится 
Потому и удивлению моему не было предела, когда вон в тот запрос по продажам подставляешь один регистр, формируется за 3-5 секунд, другой -  работает невыносимо долго, и это по одному товару ...

И по итогам: по тому, который быстрее работал - итогов в 3 раза больше.

Но как я уже писал, проблема решилась добавлением отобра итогов по обоим измерениям, теперь скорость такая же, может даже чуть побыстрее.