В этом запросе я собираю остатки и резервы по конкретному складу:

================================================================
     |(SELECT
     |Рег.Товар as [Товар],
     |Рег.Склад as [Склад],
     |Sum(Рег.ОстатокТовараОстаток) as Количество,
     |0 Резерв,
     |Sum(Рег.ВалютнаяСтоимостьОстаток) as ВалСтоим
     |FROM
     яСтоимость)) as Рег";
     
     Если ВыбСклад.Выбран()=1 Тогда
           Recordset.УстановитьТекстовыйПараметр("ВыбСклад",ВыбСклад);
           ТекстЗапроса=ТекстЗапроса+" WHERE Рег.Склад=:ВыбСклад";
           ПечУсловия=ПечУсловия+"  "+" По складу  "+СокрЛП(ВыбСклад.Наименование);
     КонецЕсли;
     
     ТекстЗапроса=ТекстЗапроса+"
     |GROUP BY
     |Рег.Склад, Рег.Товар
     |
     |UNION ALL
     |
     |SELECT
     |РегРез.Товар as Товар,
     |РегРез.Склад as Склад,
     |0 Количество,
     |Sum(РегРез.РезервТовараОстаток) as Резерв,
     |0 ВалСтоим
     |FROM
     |$РегистрОстатки.РезервыТоваров(:КонДата~,,,(Товар,Склад),(РезервТовара)) as РегРез";
     
     Если ВыбСклад.Выбран()=1 Тогда
           Recordset.УстановитьТекстовыйПараметр("ВыбСклад",ВыбСклад);
           ТекстЗапроса=ТекстЗапроса+" WHERE РегРез.Склад=:ВыбСклад";
     КонецЕсли;
     
     ТекстЗапроса=ТекстЗапроса+"
     |GROUP BY
     |РегРез.Склад, РегРез.Товар)
     |as ВложЗапрос

===========================================================

??? 

А можно ли как-то в этой запрос ввести еще пару столбцов, где выводить остатки и стоимость по всем складам?

Как-нибудь так:

Товар  Склад  Количество  Резерв  ВалСтоим  ОбщОстаток  ОбщСтоимость

Если структура регистров не совпадает то лучше имхо через юнион
Вопрос в другом... зачем имея остатки в разрезе склад-товар еще получать и по всем складам?
Можно попробовать grouping-with rollup

> Вопрос в другом... зачем имея остатки в разрезе склад-товар еще получать и по всем складам?

- Надо еще получить стоимость резерва - по себестоимости со всех складов с признаком "ВЗаказ"