1) а какой уровень аналитики тебя интересует - до счета или до субконто?
2) тут пробегали мысли по поводу linked servers в SQL - это если одним запросом все тянуть. Если через индексированную таблицу - то разными запросами к базам.

ну в принципе - ничего сложного.
1) Работаем с разными запросами для разных баз;
2) Для запроса к другой базе используем метод

ПрисоединитьИБ(КаталогИБ, [СтрокаСоединения]) 

При этом методе у тебя будет работать метапарсер (хотя в принципе он тебе и не нужен)-ты же будешь работать с таблице 1SACCS - счета синхронизируй по полю SCHKOD, то есть ты смотришь ID счета по полю SCHKOD.

В принципе - задача интересная. У меня сейчас знакомый решил выгрузками в произвольную базу с изменением аналитики. Было бы интересно попробовать так. Пиши!

Ооооо!
Вот это классно!
Спасибо! (как же это я проглядел)