Ну это я для примера привёл - 1 клиент.. Это универсальный отчёт, где может быть в фильтре подобран 1 элемент или множество элементов. В том и проблема.. Я могу предусмотреть ситуацию, когда фильтр по одному контрагенту, но она уже не будет работать, если в множ. фильтре пользователь подберёт 2х контрагентов.. Вот и ищу глобальное решение...

Я бы с ходу порекомендовал поставить в регистрах быстрый отбор движений - тогда не нужно будет связывание с _1sjourn. А для быстрого отбора контрагентов (и вообще элементов справочников) по группам посмотри в http://www.1cpp.ru/forum/YaBB.pl?num=1153469047. ; Хотя, возможно это чересчур глобально  .  Но на практике проверено, и прекрасно себя зарекомендовало.
И ещё очень полезно смотреть на планы выполнения запросов в QA. После достаточно продолжительной медитации начинают полезные мысли в голову приходить