Только что проверил, прекрасно работает вот такой код

Код

Процедура Проверить_FormEx_ИконкаПредупреждения()
	Предупреждение("Проверка"); // старая

	стрТекстДопГлобальника = "
	|Перем FormEx_ИконкаПредупреждения Экспорт;
	|
	|Процедура глДоп_Установить_FormEx_ИконкаПредупреждения_1568(Значение) Экспорт
	|  FormEx_ИконкаПредупреждения = Значение;
	|КонецПроцедуры
	|
	|FormEx_ИконкаПредупреждения = 0;
	|";

	Журнал = СоздатьОбъект("ЖурналВызоваМетодов");
	_Сервис = СоздатьОбъект("Сервис");
	_НомерДопГлобальника = _Сервис.ДобавитьГлобальныйМодуль(стрТекстДопГлобальника);
	Если _НомерДопГлобальника = 0 Тогда
		Сообщить("ошибка _НомерДопГлобальника = 0");
		Возврат;
	КонецЕсли;

	_ВМ = СоздатьОбъект("ВыполняемыйМодуль");
	_ВМ.УстановитьМодуль("
	|Процедура Установить_FormEx_ИконкаПредупреждения(Значение)
	|  глДоп_Установить_FormEx_ИконкаПредупреждения_1568(Значение);
	|КонецПроцедуры");
	_ВМ.КомпилироватьИВыполнитьМодуль();
	_ВМ.Установить_FormEx_ИконкаПредупреждения(1);

	Предупреждение("Проверка"); // новая

	_Сервис.УдалитьГлобальныйМодуль(_НомерДопГлобальника);
КонецПроцедуры