перед этим для каждого регистра сделать:
если быстрая обработка движений стоит, то
delete $Регистр.<КакойТО>
where iddocdef = $ВидДокумента.<ЧтоТО>
иначе
delete $Регистр.<КакойТО>
from $Регистр.<КакойТО> as КакойТО
inner join _1sjourn j on _1sjourn.iddoc = КакойТО.iddoc
where j.iddocdef = $ВидДокумента.<ЧтоТО>

+пересчитать итоги

PS:есть еще таблица отборов/подчиненных документов, табличные части, последовательности, много что еще есть..