оказалось документированная фича 

Смысл в том, что если в запросе есть обращение к двум или более регистрам с ОДНИМ И ТЕМ ЖЕ алиасом, то метапарсер ошибается в имени таблиц.
Вот пример

ТекстЗапроса="
|SELECT
| Рег.КредДок
|FROM
| (
|  SELECT
|   Р.КредДок
|  FROM $Регистр.Покупатели as Р
|
| UNION ALL
|
|  SELECT
|   Р.КредДок
|  FROM $Регистр.Поставщики as Р
|) Рег
|"
так не работает

ТекстЗапроса="
|SELECT
| Рег.КредДок
|FROM
| (
|  SELECT
|   РПокупатели.КредДок
|  FROM $Регистр.Покупатели as РПокупатели
|
| UNION ALL
|
|  SELECT
|   РПоставщики.КредДок
|  FROM $Регистр.Поставщики as РПоставщики
|) Рег
|"
а так работает

надо бы в статье этот момент описать, это не очевидно из описания в документации. Честно - сам несколько раз абзац перечитывал, так и не понял что это именно к МОЕМУ случаю относится...