При заполнении табличного поля:
Процедура ТабЖурналПриВыводеСтроки(ТП,ОформлениеСтроки,ДанныеСтроки)
     ОформлениеСтроки.Ячейки.Документ.ОтображатьФлажок = 1;
     ОформлениеСтроки.Ячейки.Документ.ЗначениеФлажка  = 0;
КонецПроцедуры      // ТабЖурналПриВыводеСтроки

т.е. флажок на поле появляется. Далее пользователь должен иметь возмоность менять значение флажка. Я так думаю что нужно обрабатывать событие:

Процедура ТабЖурналПриВыбореФлажка(ТП)
     //
КонецПроцедуры      // ТабЖурналПриВыбореФлажка

но у меня не получается установить значение флажка. Т.е., как я поинимаю, мне нужно использовать метод УстановитьФлажок объекта ОформлениеЯчейки. Но как мне тогда получить ОформлениеЯчейки из обработчика ПриВыбореФлажка(ТП)?!

ТП не хранит значения флажков для набора данных. Правило такое: ТП не хранит данные, их ему предоставляет поставщик. ТП только предоставляет средства для отображения флажка. Значения флажков должны храниться в другом месте (вероятнее всего в самом наборе данных).
Метод УстановитьФлажок только лишь устанавливает свойства ОтображатьФлажок и ЗначениеФлажка и сделан для удобства.

Сценарий работы может быть таким:
При обработке события ПриВыбореФлажка, изменяются данные от которых зависит отображение флажка (поле текущей записи в базе данных; поле текущей строки в ТЗ; какие либо другие данные, от которых  может зависеть отображение флажка для текущей строки в ТП). После этого требуется обновить отображение данных в ТП, для этого следует воспользоваться методом ОбновитьСтроки.

К сожалению в текущей реализации ТП метод ОбновитьСтроки не имеет параметра который бы указывал какие строки требуется обновить, поэтому перечитываются все строки. Для поставщика ODBC это вызовет получение данных всех отображаемых строк с сервера. Благодаря параметризированным запросам это должно происходить эффективно.

При обновлении строк обработчик ПриВыводеСтроки должен установить отображение флажка, согласно измененым данным.